Theo dòng lịch sử, lá cờ đại diện cho các chính quyền tại Việt Nam đã có nhiều hình dạng khác nhau.

Hiệu kỳ

Long tinh kỳ nhà Nguyễn từ 1802 đến 1863, và tiếp tục được dùng sau này khi Pháp xâm chiếm Việt Nam cho đến năm 1885

Ở Việt Nam trước đây các nhà cầm quyền đã có các hiệu kỳ thường mang màu phù hợp với "mạng": người mạng kim thì cờ màu trắng, người mạng mộc mang màu xanh, mạng thủy thì màu đen, người mạng hỏa treo cờ màu đỏ, người mạng thổ dùng cờ màu vàng. Màu cờ của các triều đại thì được chọn theo thuyết của học phái Âm Dương Gia nhằm giúp triều đại hợp với một hành đang hưng vượng. Ngoài cờ của triều đại, các nhà vua đều có thể có lá cờ riêng, chỉ để biểu tượng cho hoàng gia.

Có nguồn cho biết Hai bà Trưng (40-43) và bà Triệu Thị Trinh (222-248) đã dùng cờ màu vàng trong các cuộc khởi nghĩa của họ.

Đại kỳ của vua Minh Mạng

Vua Gia Long (1802-1820) dùng màu vàng cho là cờ tiêu biểu của vương triều mình. Có nguồn cho biết vua Khải Định (1916-1925), khi sang Paris dự hội chợ đấu xảo, cùng các quan Nam triều sáng chế tại chỗ cờ Long Tinh (thêm hai vạch đỏ tượng trưng cho hình rồng vào giữa lá cờ vàng) vì cần thiết cho nghi lễ. Tuy nhiên, từ "cờ long tinh" có lẽ đã xuất hiện từ thời vua Gia Long. Cụ thể, nó có tên Hán "Long Tinh Kỳ" với "Kỳ" là cờ; "Long" là rồng, biểu tượng cho hoàng đế, có màu vàng với râu tua màu xanh dương, tượng trưng cho Tiên và đại dương là nơi rồng cư ngụ; "Tinh" là ngôi sao trên trời, cũng là màu đỏ, biểu tượng cho phương Nam và cho lòng nhiệt thành, chấm ở giữa. Tóm lại "Long Tinh Kỳ" là cờ vàng có chấm đỏ viền tua xanh.

Khi Pháp mới tấn công Việt Nam, Việt Sử Toàn Thư (trang 467) ghi "Từ Trung ra Bắc, cờ khởi nghĩa bay khắp nơi"; có tác giả chú thích rằng cờ này chính là cờ long tinh của nhà Nguyễn.

Có nguồn cho biết, năm 1821, vua Minh Mạng còn lấy đại kỳ màu vàng, chung quanh viền kim tuyến (chỉ vàng).

Cờ thời Pháp thuộc

Cờ của chế độ bảo hộ Pháp trên toàn Đông Dương, 1923 - 9 tháng 3 1945

Trong thời kỳ Pháp thuộc, chính quyền bảo hộ Pháp trên toàn Liên bang Đông Dương sử dụng lá cờ có nền vàng và ở góc trái trên cao là hình quốc kỳ Pháp, từ năm 1923 đến khi bị Nhật lật đổ vào 9 tháng 3 năm 1945.

Tại từng vùng thuộc địa trên lãnh thổ Việt Nam, Nam kỳ dùng quốc kỳ Pháp (còn gọi là cờ tam sắc hay tam tài), Bắc kỳ và Trung kỳ dùng cờ biểu tượng cho vua nhà Nguyễn, nhưng cờ này chỉ được treo nơi nào có nhà vua ngự. Cụ thể nó được treo ở kỳ đài ở quảng trường Phu Văn Lâu, cột cờ đàn Nam Giao ở ngoại ô kinh thành Huế, hay cột cờ Hành Cung ở các địa phương.

Cờ An Nam và những vùng có ảnh hưởng của vua nhà Nguyễn được miêu tả dưới đây theo từng giai đoạn:

Long Tinh Kỳ 1863 đến 1885

Đại Nam Kỳ 1885 đến 1890

1890 đến 1920

Cờ long tinh 1920 đến 9 tháng 3 năm 1945

Từ khi Pháp tấn công lãnh thổ Việt Nam, cờ long tinh (nền vàng viền lam chấm đỏ) vẫn được dùng như biểu tượng quyền lực của nhà Nguyễn. Đến năm 1885, người Pháp không chấp thuận cho vua Đồng Khánh dùng Long Tinh Kỳ nữa vì lá cờ này thể hiện sự chống đối Pháp (vua Hàm Nghi dùng lá cờ này khi chống Pháp). Triều đình Đồng Khánh dùng lá cờ mới cũng có nền vàng, nhưng màu đỏ thì gồm hai chữ Hán Đại Nam, quốc hiệu của nước Việt Nam lúc đó, và lá cờ có tên Đại Nam Kỳ. Tuy nhiên, những chữ viết trên lá cờ không thực sự giống với các nét chữ Hán của quốc hiệu Đại Nam (大南).

Cột cờ Huế, năm 1924

Năm 1890, vua Thành Thái đổi sang dùng lá cờ có nền vàng ba sọc đỏ vắt ngang. Lá cờ này tồn tại qua các đời vua Thành Thái và Duy Tân, những ông vua chống đối Pháp, và do đó cũng được coi là biểu tượng chống Pháp. Sau khi Thành Thái và Duy Tân bị Pháp bắt đi đày, Khải Định lên ngôi theo quan điểm thân Pháp đã thay đổi cờ. Ông dùng cờ nền vàng và một sọc đỏ lớn vắt ngang, và cũng gọi cờ này là cờ long tinh.

Theo một số nguồn, đại kỳ màu vàng cũng có thể đã được treo thường xuyên quảng trường Phu Văn Lâu. Ngoài ra còn có các Tinh Kỳ, cờ Đại Hùng Tinh, cờ Nhật Nguyệt, cờ Ngũ Hành, được dùng để biểu thị nghi vệ Thiên Tử trong các buổi thiết triều, các dịp tế lễ, hay theo loan giá những khi nhà vua xuất cung. Lá cờ ban cho các khâm sai đặc sứ, còn được gọi là cờ Mao Tiết, thì màu sắc tùy nghi, trên mặt thêu họ và chức vụ của vị khâm sai, chung quanh viền ngân tuyến (chỉ bạc). Các cờ xí treo thời này thường có tua viền xung quanh.

Các lá cờ ở nơi trưng bày lễ vật, thành Huế, năm 1924

Lá cờ long tinh trong giai đoạn cuối của thời Pháp thuộc lần đầu được ấn định làm quốc kỳ nước Đại Nam khi Nhật Bản dần thay chân Pháp ở Việt Nam. Dưới áp lực của quân Nhật, Pháp cố duy trì ảnh hưởng của họ bằng cách đàn áp các phong trào chống đối và nâng cao uy tín của các nhà vua Đông Dương. Hoàng đế Bảo Đại nhân cơ hội này đã đưa ra một số cải cách, trong đó có ấn định quốc kỳ của nước Đại Nam là cờ long tinh; được Toàn quyền Đông Dương Jean Decoux chấp thuận. Cờ long tinh được dùng trên lãnh thổ Đại Nam (Bắc kỳ và Trung kỳ). Nam kỳ vẫn dùng cờ tam sắc của Pháp.

Cờ quẻ Ly

Cờ quẻ Ly của chính phủ Trần Trọng Kim, 9 tháng 3 1945 - 22 tháng 8 1945

Sau khi Nhật đảo chính Pháp, Hoàng đế Bảo Đại tuyên bố độc lập. Ngày 11 tháng 3 năm 1945, ông tuyên bố hủy bỏ Hòa ước Quý Mùi 1883 và Hòa ước Giáp Thân 1884. Chính phủ độc lập được thành lập ngày 17 tháng 4 năm 1945, đứng đầu là nhà học giả Trần Trọng Kim. Quốc hiệu được đổi thành Đế quốc Việt Nam và, ngày 8 tháng 5 năm 1945, quốc kỳ được chọn gọi là cờ quẻ Ly. Cờ này cũng nền vàng, ở chính giữa có một quẻ Ly màu đỏ. Quẻ Ly là một trong 8 quẻ của bát quái và gồm một vạch liền, một vạch đứt và một vạch liền; bề rộng của các vạch này chỉ bằng một phần bề rộng chung của lá cờ.

Cờ quẻ Ly là cờ của cả nước Việt Nam, nhưng trong thực tế Nhật vẫn cai trị Nam kỳ. Sau khi Nhật đầu hàng quân Đồng Minh, Nam kỳ mới được trao trả ngày 14 tháng 8 năm 1945, nhưng 10 ngày sau đó Hoàng đế Bảo Đại thoái vị. Nam Kỳ, trên thực tế, chưa bao giờ dùng cờ quẻ Ly.

Long tinh Đế kỳ

Trong thời kỳ này, Long Tinh Kỳ trở thành lá cờ của hoàng đế, chỉ treo ở Hoàng thành Huế hoặc mang theo những nơi vua tuần du, gọi là Long Tinh Đế Kỳ. Long Tinh Đế Kỳ có sửa đổi nhỏ so với Long Tinh Kỳ trước đó: nền vàng đậm hơn và sọc đỏ thu hẹp lại bằng 1/3 chiều cao lá cờ, để tương xứng với cờ Quẻ Ly.

 Cờ vàng năm sọc

Quốc kỳ Nam kỳ quốc

Sau khi Nhật đầu hàng quân Đồng Minh, lãnh thổ Việt Nam từ vĩ tuyến 16 trở xuống được cai quản bởi Anh. Anh sau đó đã giao lại cho Pháp tiếp tục quản lý. Chính quyền Pháp đã khuyến khích phong trào Nam kỳ tự trị. Ngày 26 tháng 3 năm 1946, Nam kỳ Cộng hòa quốc (tiếng Pháp: République de Cochinchine) đã thành lập. Từ ngày 1 tháng 6, quốc gia này dùng quốc kỳ nền vàng, với 5 sọc vắt ngang ở giữa, gồm ba sọc xanh và hai sọc trắng chen nhau. Hình dáng lá cờ biểu tượng cho ba con sông Đồng Nai, Tiềng Giang và Hậu Giang trên đất Nam Kỳ.

Lá cờ này tồn tại được 2 năm cho đến khi chính quyền Nam kỳ quốc giải thể và sát nhập vào Quốc gia Việt Nam của Bảo Đại ngày 2 tháng 6 năm 1948.

Cờ vàng ba sọc đỏ

Quốc kỳ của Quốc gia Việt Nam và Việt Nam Cộng hòa

Theo thiếu tướng Đỗ Mậu, cựu phó thủ tướng Việt Nam Cộng hòa, lá cờ vàng ba sọc do linh mục Trần Hữu Thanh vẽ ra. Thông tin khác cho rằng do họa sĩ Lê Văn Đệ vẽ và đã trình cho vua Bảo Đại chọn trong một phiên họp ở Hồng Kông năm 1948. Nó có nền vàng với ba sọc đỏ và hai sọc vàng chen nhau nằm vắt ngang ở giữa, tượng trưng cho quẻ Càn trong Bát Quái, có thông tin cho rằng ba sọc đỏ trên lá cờ còn tượng trưng cho ba miền của Việt Nam và Tam Vị Nhất Thể, Chúa Cha, Chúa Con, Chúa Thánh Thần. Tuy nhiên ngoài 2 người trên, ý kiến này không được nhiều người chia sẻ.

Bề ngang của mỗi sọc đỏ và vàng này bằng nhau và bề ngang chung của năm sọc bằng một phần ba bề ngang chung của lá cờ. Ngày 2 tháng 6 năm 1948, chính phủ lâm thời của thủ tướng Nguyễn Văn Xuân chính thức dùng lá cờ vàng ba sọc đỏ làm quốc kỳ của Quốc gia Việt Nam. Lá quốc kỳ vàng ba sọc đỏ sau này tiếp tục là quốc kỳ chính quyền Quốc gia Việt Nam (1949-1955), và sau đó là quốc kỳ cho suốt thời Đệ Nhất và Đệ Nhị Việt Nam Cộng hòa (1955-1975).

Hiện nay, lá cờ này không được phép sử dụng tại Việt Nam. Tuy nhiên lá cờ này qua Chiến dịch Cờ Vàng lại được chính quyền của nhiều thành phố và tiểu bang thuộc Hoa Kỳ công nhận là "Lá Cờ Tự Do và Di Sản" (Heritage and Freedom Flag) và như là biểu tượng cho cộng đồng người Mỹ gốc Việt tại địa phương